En el diseño de la permacultura se utilizan diferentes métodos para optimizar la planificación de un lugar. Existen diferentes técnicas de cultivo para utilizar el espacio de la forma más inteligente y adecuada posible.
Los principios de diseño de la permacultura son "buenas prácticas", es decir, no se puede aplicar "obstinadamente" estos principios y llegar automáticamente a una buena solución. El arte o la experiencia se manifiestan en el equilibrio sensible.

En los diagramas de flujo (zonificación, sectorización), se muestran los flujos de recursos (energía, sustancias, información) para colocar los elementos individuales de forma que interactúen óptimamente y formen simbiosis (por ejemplo, en los cultivos mixtos).
Mediante el escalonamiento, es decir, utilizando varios niveles espaciales, se puede multiplicar la superficie de cultivo (por ejemplo, en los huertos forestales). También se procura que cada elemento del sitio cumpla el mayor número posible de funciones (multifuncionalidad).

Si hay una oportunidad de plantar en el suelo, hay que aprovecharla. Un diseño inteligente lo hace más fácil. Se pueden crear condiciones climáticas especiales con trampas solares, por ejemplo. Los invernaderos también crean condiciones controladas.
Si el suelo no es adecuado para la siembra, los montículos y las cajas elevadas son una buena opción. Las espalderas, las pérgolas y los jardines verticales permiten utilizar diferentes niveles y multiplicar la superficie. Lugares desfavorables, como las laderas, pueden utilizarse para realizar simples terrazas o invernaderos de tierra.